Dans Cubetom, vous êtes un cube, vous avez une mission. Votre mission est d'explorer le monde souterrain. Cependant, au cours de votre mission, vous rencontrez quelques difficultés. Des ennemis apparaissent partout et vous devez les éviter habilement pour terminer votre mission.
Cubetom est une sorte de jeu de course sans fin.
Vous pouvez vous diriger avec les commandes de mouvement ou avec un joystick. La caméra se déplace continuellement vers le bas et si vous quittez le champ de vision de la caméra, vous perdez. Cependant, la caméra se déplace de plus en plus vite et il devient de plus en plus difficile de ne pas toucher d'ennemis tout en essayant de rester dans le champ de vision de la caméra.